电影讲述四位青年偶然发现时光机器原型，在实现时间旅行后，发现旅行造成一系列可怕的涟漪效应。

1960年代，中国香港，高楼林立的繁华掩饰不住贫民窟的寒酸破败。一个小孩被老鼠咬伤，没过几日鼠疫在整个城市蔓延开来。随着入院就诊人数逐渐增多，当局开始重视，组织医务人员研制疫苗，不过为时已晚，不少有钱人举家逃往海外。普通贫民则选择求符消灾。一时间，店铺纷纷关张，机场封闭，个别奸商借机大发横财。由于当局决策被动，使得全港人心惶惶。就在大家感到绝望之际，新型疫苗研发成功。

《你好，昨天》围绕五个家庭展开，以90年代的小吉街为背景，讲述两代人在平凡琐碎的生活中相互扶持、共同成长，最终收获亲情、友情、爱情的暖心故事。故事的主人公是一群生活在小吉街上的少男少女，在那个还没有被淘宝、微博、朋友圈支配的年代，他们有健力宝、大富翁、魂斗罗，有一群坦诚相待的小伙伴，嬉笑打闹奔跑追逐，有福同享有难同当，一起经历着短暂又美好的青春时光，然后各自悄悄长大。