1927年，北伐军挥军北上，盘踞在山东地区的军阀张宗昌命部队阻拦北伐军，双方展开大战。由宋文清担任教导员和由赵化民担任营长的北伐军铁血营，与田德贵担任团长的奉系军阀独立旅二团展开激烈战斗，双方死伤惨重。宋文清在战斗中负伤，赵化民无力抵抗田德贵的进攻，只好撤退。张宗昌部队独立旅二团一营全军覆灭，只有军医官王怀远和卫生兵虫草生还，王怀远受伤后凭自己的医术自救。

本剧讲述了一位人称“金针王三怪”的国医旷世奇才、二十余年完成了由旧军医到人民军队杰出将领的蜕变。山东名医王怀远，医术高超、不拘常法，人送美号“金针王三怪”。在军阀混战中，他被裹挟进入军阀张宗昌的队伍，担任了军医官，并且在战火的熏陶中掌握了出色的军事指挥本领。后来，为了寻找家传医书《火器医鉴》和报答匪王梁鼎山的救子之义，王怀远深入虎穴、加入绿林武装“虎旗军”，凭借自己过人的医术和出色的军事谋略，赢得众位弟兄的信任，当上“虎旗军”的总旗主。此后，在共产党人赵化民的引导、教育下，王怀远把“虎旗军”改造为保民护民

顾徽作为金针世家传人，无意落入水中，醒来发现自己能看透人心。利用超能力，她成为了皇上的小心肝，太子的掌中宝，许多人的眼中钉肉中刺……