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故事发生在巡之丘学园中，丈枪由纪天真可爱，是名副其实的开心果。惠飞须泽胡桃踏实可靠，她的坚强和元气影响了身边的每一个人。若狭悠里温柔坚强，是大家心目中稳重的靠山。直树美纪外表冷漠，但内心的热情不容忽视。这些可爱的孩子们共同组成了“学园生活部”，每天都在进行愉快的部活。空无一人的校园，破败不堪的教室，四处游走的行尸，究竟哪一个是幻想，哪一个是真实？巨大的灾难面前，少女们将恐惧化作力量，尽各自的所能，目的只有一个，那就是活得更久，更快乐。

曾经来自日本，给世界带来巨大灾害的「迷途者」。他们过去给世界带来了毁灭性的灾祸，因此被定为了「禁忌」，必须秘密将其处刑。以处刑「迷途者」为职的「处刑人」玛瑙在某一天遇见了日本少女灯里。玛瑙本打算像往常一样执行任务，却因灯里的「某种能力」以失败告终。为完成对灯里的处刑，玛瑙带上了她，踏上了前往能讨伐一切异世界人的仪式场——加尔姆大圣堂的旅途。但灯里并不知晓此行的目的，她纯粹地享受着旅途的乐趣。这让玛瑙的内心渐渐发生了转变。这，是她为了杀死她的故事。