环境恶化、资源枯竭、道德沦丧，人类文明在一场毁灭性的灾难后，湮灭殆尽，整个星球满目疮痍。历经万年，许多部落和新物种诞生并繁衍，西域孕育出一个全新的文明 。新人类将上一纪元称为“上古”，曾毁灭上古文明的巨大能量被封存在一个叫“众神遗迹”的禁地。 一万年以后，乌族的部落首领“乌神”从众神遗迹窃取了上古魔法，为了满足自己的野心，居然想让地球重回邪恶的上古时代；小女孩珠玛在西域各部落勇士支持和帮助下跨过千难万险，前往古格找寻抗击乌神的办法，与此同时，西域最后的堡垒-伽罗城正与乌神的乌罗大军展开终极之战。

游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游

游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游

叛出洪武门后，江羽掩盖身份，与落日山脉中打怪升级，偶遇远古遗迹，江羽借助不死之身，闯入遗迹，通过考验，得到莫大奖赏，却不知道这是个阴谋。原来，这座遗迹是一尊远古仙人陨落之地，在寻求高天赋者夺舍，可惜江羽为不死之身，根本无法被夺舍，最终江羽收服远古仙人，并阴差阳错将他灵魂封印到一条狗身上……