《剿杀令》讲述了解放前夕，国民党不甘失败，留下部分部队军火和特务潜伏在黔东地区，联合当地土匪为反攻作准备。黔东地区土匪借势横行，当地名不聊生。天台寨匪首熊山虎逼迫布依少女陆翠珍做压寨夫人，陆翠珍为了逃避，只能匆匆与当地的首富莫家少爷莫志明成亲。熊山虎对此耿耿于怀。决意血洗莫家庄……莫六姑因觉财产分配不公，对莫志明怀恨在心，更是对机敏能干的陆翠珍恨之入骨；熊山虎便勾结六姑好设计陷害莫志明夫妇。莫志明中毒身亡，陆侥幸逃过一劫，熊山虎欲趁机侵占莫家庄，但棋逊一招，反被陆一举歼灭。巧取天台寨后，陆成为布依山区首领

泼水节上，从监狱放出来的杀手完成任务后，还要回到监狱中。警察弗朗西斯来见岳父，碰到了帕切科将军，他得知他们是害死他人的凶手，而岳父希望他利用其职务帮忙掩盖真相。波尔遇害前告知警察艾克斯达，自己以前在监狱里负责给老板提供罪犯，用来帮助帕切科将军杀人。弗朗西斯一路追查，发现其父死在帕切科手中，于是假意顺从，想套取对方犯罪的证据，却被其雇佣的杀手杀死。弗朗西斯的录音，令帕切科陷入舆论争议，但没有被定罪。阿涅的报社因刊登关于市长尤西比奥的负面新闻受到打压，他与朋友西索发生争吵。阿涅遇害后，西索通过他留下的录音笔，