在幕后BOSS的控制下，一支邪恶的夺宝军团屡屡穿梭平行时空，来到动画世界，盗取宝物，让诸多动画世界无以为继，瞬间分崩离析……为了传说中神秘部落的宝物，这一次，夺宝军团悄然潜入《熊出没》。意识到危机来临的熊大、熊二、光头强决定团结一心，与之抗衡。未料，夺宝军团诡计多端，手段高明，在森林众人眼看将被全线击溃之时，一个意外来到地球的机器人出现，向森林动物们施以援手，大家暂时脱险。交锋愈加激烈，幕后BOSS带着大量设备进入动画世界，让夺宝军团势力空前强大。而森林动物们与机器伙伴也偶遇神秘部落少女，在相互了解之中更

剧情接上部，约翰教授告知了朋友自己永生的秘密以后，又更换了新的身份和新的住所，开始了他十年一度的“迁徙”，不过这一次他仍然是个教授。约翰的学生从在他家里借来的书籍里发现了第一部中一个教授的亲笔签名和赠言，而书中的人物也和自己的教授十分相似，于是开始探索约翰的秘密。约翰的永生细胞也出现了细微的老化现象......

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