钢铁直男逍遥生在准备送女友狐美人的周年纪念日礼物时，却惨遭变小奇遇，身形竟缩小成儿童形态！为寻找解药，逍遥生与兄弟飞剑侠只能按照指引寻找放火高手，一同前往传说中的虎踞龙盘之地——魔王寨，殊不知，这一切都是红孩儿的阴谋…

基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！

基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！

故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动

光头强爸爸突然到访狗熊岭，向来严厉古板的强爸却对光头强嘘寒问暖，而朝夕相处却未能缓和关系，反而导致了父子矛盾的爆发……在一次激烈的争吵中，光头强和两熊被“缩小机”意外缩小，毫不知情的强爸伤心离开，并无意间带走了“缩小机”。于是，光头强和两熊踏上了追赶强爸和机器的“微观世界”冒险之旅。与此同时，一名陌生国外女记者突然出现，并频频出没于大马哈鱼生活的河域附近，举止神秘，牵出了一系列神秘事件……