本片以黄鼠狼巴克·怀尔德为主角，西蒙·佩吉回归配音，长毛象曼弗瑞德、树獭希德、剑齿虎迪亚戈等系列主角也会现身，讲述巴克与负鼠兄弟Crash和Eddie的故事。

海底小纵队是一群活跃在海底的小小探险家，集结了巴克队长（北极熊）、皮医生（企鹅）、生物学家谢灵通（海獭）、摄像师达西西（腊肠狗）、机械工程师突突兔（兔子）、小队中尉呱唧（小猫）和章教授（章鱼）7名伙伴。在巴克队长的带领下，一直向着未知的海域不断探索前进！巴克队长和皮医生为了送小章鱼酷巴回家，结伴前往加勒比海。然而他们在途中遭遇了突发事件，必须穿过丛林，探索神秘的洞穴。在小纵队其他队员的支援下，他们展开了全新的探险之旅……

海底小纵队是一群活跃在海底的小小探险家，集结了巴克队长（北极熊）、皮医生（企鹅）、生物学家谢灵通（海獭）、摄像师达西西（腊肠狗）、机械工程师突突兔（兔子）、小队中尉呱唧（小猫）和章教授（章鱼）7名伙伴。在巴克队长的带领下，一直向着未知的海域不断探索前进！巴克队长和皮医生为了送小章鱼酷巴回家，结伴前往加勒比海。然而他们在途中遭遇了突发事件，必须穿过丛林，探索神秘的洞穴。在小纵队其他队员的支援下，他们展开了全新的探险之旅……

该片以海洋作为故事上演的舞台，融合了动作、探险、海洋生物科学课程以及学龄前团队协作等内容。动画讲述了八个可爱小动物组成的海底探险小队的故事。