继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶实力士星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。

2024年，变种人大幅减少，X战警已经解散。身心疲惫的暮狼罗根自愈因子逐渐消失，整天饮酒度日，并靠当司机养家。他在墨西哥边境隐居照顾着饱受病痛折磨的老X教授。有一天，一位陌生女子让罗根去载一个叫劳拉的女孩去加拿大边境，一开始罗根拒绝了，但查尔斯一直在等着这个女孩的出现，劳拉拥有超强的战斗力，而且在许多方面都很像金刚狼。她被一个强大公司的幕后人物所追踪，因为她的DNA里有着连接罗根的秘密。一场无休止的追捕开始了……

影片剧情围绕X战警中最受欢迎成员之一的琴·葛蕾展开，讲述她逐渐转化为黑凤凰的故事。在一次危及生命的太空营救行动中，琴被神秘的宇宙力量击中，成为最强大的变种人。此后琴·葛蕾不仅要设法掌控日益增长、极不稳定的力量，更要与自己内心的恶魔抗争，她的失控让整个X战警大家庭分崩离析，也让整个星球陷入毁灭的威胁之中。

琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉•贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王（伊安•麦克莱恩 Ian McKellen 饰）四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类

《X战警：第一站》是2011年美国电影。影片设定在X教授（Xavier）和万磁王（Magneto）二十多岁的时候，观众将看到X教授的变异人学校如何建立，X教授和万磁王又是如何分道扬镳的，以及独眼龙（Cyclops）、琴·格雷（Jean Grey）、野兽等人是如何从青少年一步步成长起来的。片中会有很多新的变异人登场，还会有浪漫元素。

邪恶变种人兄弟会刺杀了罗伯特-凯利参议员(Robert Kelly)，结果导致在2013年的世界里，变种人全部被关押在集中营，处处受到巨型机器人“哨兵”(Sentinels)的追杀。为了改写历史，未来世界的Kitty Pryde(幻影猫，艾伦-佩吉饰)回到过去警告X战警，让他们阻止兄弟会的刺杀行动。不同年代的新老X战警们第一次相遇了。